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Sudán del Sur es uno de los países más pobres del mundo. Después de la guerra, la pobreza y el hambre se extendieron entre la población. La agricultura y sobre todo la ganadería se vieron severamente afectados, dependiendo de la oferta de ayuda de los países vecinos y de otras partes del país, los refugiados que regresaron se convirtieron en un problema.
Pese a su pobreza, el país tiene importantes recursos minerales, especialmente petróleo, y como consecuencia del resultado del acuerdo de paz de 2005 también participa en los beneficios de los mismos. Según un estudio del Banco Mundial con los ingresos del petróleo que se acumulan en el gobierno autónomo, sería suficiente para reducir la pobreza y mejorar las condiciones de vida de la población del Sudán meridional. El gobierno ha anunciado que en uso de su autonomía quiere utilizar los ingresos principalmente para el desarrollo de la agricultura y la infraestructura.